Começando por X-Men Origins Wolverine, acredito que a trilogia começaria por esse, por conta do final onde aparece o professor Xavier, já velho, e ainda andando, sendo que o de Dias de um futuro esquecido, teria perdido os movimentos das pernas ainda jovem, foi apresentado uma "cura" porém não permitia usar os seus poderes, o que não aconteceu, já que o Xavier guiou o Scott Summers até a saída.
A trilogia segue normalmente até o Wolverine imortal.
Em Wolverine imortal, Na luta final contra o Silver Samurai, que suga parte do seu fator de cura sendo o que teria suas consequências no filme "Logan".
E também conta com o pós credito com o magneto e o Xavier pedindo seu suporte para um problema que colocaria a vida dos mutantes em risco.
Pela ordem dos filmes iria parecer que era a chegada dos sentinelas, mas isso não teria sentido, e já vou explicar.
Mas esse algo que colocou a vida dos mutantes em risco provavelmente foi o motivo dos mutantes serem quase extintos em Logan.
No filme Logan além do adamantiun estar envenenando ele aos poucos , vemos as consequências do fator de cura que o silver Samurai absorveu durante sua batalha em Wolverine imortal.
Em Xmen primeira classe temos uma espécie de What If, ou Reboot do universo, onde nós aprofundamos mais no passado do Xavier e do magneto, onde o professor acaba sem o movimento das pernas ainda jovem no final do filme.
Em dias de um futuro esquecido, acompanhamos Wolverine voltando ao passado onde conhece Xavier e Magneto mais jovem, e vai impedir a mística de matar Trask, que resultaria no futuro catastrófico com os sentinelas.
Depois que Logan consegue resolver toda essa situação do passado, ele volta pro futuro onde está tudo bem novamente.
Vale ressaltar que Jean Grey está viva.
Agora que as coisas começam a ficar mais complicadas.
Agora com os novos X-Men, com Jean Grey, Scott Summers e outros que enfrentam Apocalypse.
Em Xmen fênix negra, tivemos o desfecho dessa nova franquia X-Men, onde a Jean Grey se sacrifica.
Então o que teria acontecido entre o futuro que Logan voltou e o final de fênix negra, para Jean Grey voltar viva nunca saberemos, provavelmente só esqueceram que ela tava viva, mas vamos fingir que ela ressuscitou fora de tela.
Agora a franquia Deadpool, que se passa durante esse novo X-Men, já que eles aparecem no segundo filme como forma de piada, o que exclui a possibilidade de se passar no mesmo verso de "Logan" onde os mutantes teriam sido extintos, porém de alguma forma esses universos se unificaram a ponto do Logan será a âncora do universo de Deadpool.